У структурі Головного управління ДФС у Запорізькій області функціонують 11 відокремлених структурних підрозділів, які здійснюють адміністрування податків і зборів з юридичних та фізичних осіб, погашення податкового боргу в усіх адміністративно-територіальних одиницях області.